Родился будущий диктатор Доминиканской республики в бедной семье. С шестнадцатилетнего возраста Рафаэль пошел работать телеграфистом, но основной доход получал за счет воровства и грабежей почтовых отделений, за что даже несколько месяцев провел в тюрьме. В 1918 году Трухильо вступил в национальную гвардию и за девять лет дослужился до командующего доминиканской армией. В 1930 году он пришел к власти в ходе военного переворота и был избран президентом, получив больше голосов, чем было избирателей.

Через год Доминиканская партия, поддерживающая Трухильо, стала единственной легальной партией, а госслужащие были обязаны добровольно-принудительно «жертвовать» часть дохода в партийный фонд. Члены правящей партии под угрозой ареста были обязаны носить при себе членский значок. Трухильо имел право отсранять любого чиновника, даже формально избранного гражданами. В личном сейфе диктатора хранились заранее подписанные и заверенные печатью распоряжения об отставке каждого из высших должностных лиц, в которых лишь следовало поставить дату.

Трухильо с помощью массовых фальсификаций неоднократно переизбирался на пост президента, иногда меняя себя на зависимых преемников. С подачи диктатора также распространилась пропагандистская практика так называемого «народного мнения», когда  толпы людей выкрикивали одобрение правительству, создавая иллюзию массовой поддержки. Внутри страны сформировался невероятный культ личности диктатора. В честь него назывались города и горные вершины, везде висели его портреты. В Доминикане Трухильо был известен под прозвищем «Шеф».

Диктатор жестоко расправлялся с любыми недовольными, в том числе с помощью членов собственной банды «42», передвигавшихся в красном «Паккарде», прозванном «машиной смерти». Трухильо собственноручно составлял списки из имён людей, которые, как он считал, являлись его врагами или причинили ему обиду. Диктатору даже приписывается фраза: “Тот, кто не мой друг, мой враг, и, следовательно, он за это поплатиться”. На какое-то время оппозиционным партиям было разрешено открыто действовать главным образом для облегчения идентификации противников режима и их устранения. Активно проводилась дискриминация выходцев из соседней Гаити, вплоть до арестов и этнических чисток.

Трухильо уделял особое внимание силовым ведомствам: военнослужащие получали большую заработную плату, регулярно повышались в звании, закупались новая техника и вооружение. С помощью запугивания, поощрения верности и частой смены должностных лиц над силовиками был установлен жесткий контроль, что предотвращало потенциальную угрозу с их стороны.

В экономической политике Трухильо установил государственную монополию на все основные отрасли экономики. Благодаря манипуляциям с ценами и хищениям Трухильо и его семья все больше обогащалась. Родственники президента занимали высокие государственные должности, а собственного сына в девятилетнем возрасте он сделал генералом. Трухильо также любило бейсбол и всячески его поддерживал вкладывая в него большие деньги и приглашая именитых игроков из-за рубежа. В личной жизни диктатор слыл похотливым мужчиной, насильно пользущимся в личных целях молодыми женщинами и несовершеннолетними девушками. За это в народе получил прозвище «el chivo» (козёл).

К концу 1950-х годов оппозиция Трухильо внутри страны усилилась за счёт молодёжи, родившейся уже во время его правления и требовавшей демократизации. Режим стал испытывать значительные трудности, начался экономический кризис. В этих условиях в 1956 году произошло вооружённое восстание, которое было подавлено с помощью войск. На протесты диктатор отвечал ещё большими репрессиями.

В результате режим подвергся критике и остракизму со стороны иностранных государств, что только подогрело паранойю Трухильо. Он всё чаще вмешивавшегося в дела соседних стран, в частности, Венесуэлы, глава которой Бетанкур был давним и открытым его оппонентом. В отместку Трухильо оказался замешан в покушении на венесуэльского президента, который в результате был ранен, но не убит. Жестокое убийство в 1960 году трёх противниц диктатуры – сестёр Мирабаль также усилило негативное отношение к режиму.

Эти события окончательно подорвало международное положение Трухильо. Латиноамериканские страны единогласно проголосовали за разрыв дипломатических отношений и введение жестких экономических санкций против Доминиканской Республики. Трухильо также стал обузой и для США, отношения которых с доминиканским режимом стали крайне напряжёнными.

В итоге 30 мая 1961 года Трухильо был застрелен в собственном автомобиле, попав в засаду на автотрассе. Диктатор стал жертвой заговора собственного окружения. Однако заговорщикам, несмотря на успешное убийство Трухильо, не удалось захватить бразды правления. Но и оставшимся верным диктатору соратникам и его семье, несмотря на репресси, также не удалось сохранить власть. Попытка военного переворота и угроза американского вторжения окончательно положили конец «эре Трухильо». Сын покойного диктатор Рамфис, готовившийся стать преемником, бежал во Францию с гробом и телом отца на борту.